Bei mir läuft neben Fluxbox auch die Desktopumgebung XFCE derzeit in Version 4.16.0.
Das Speichern von Fenstergrößen scheint die Aufgabe des Fenstermanagers zu sein.
Wenn dir die Fähigkeiten des Xfwm nicht reichen, tausche ihn doch einfach während der XFCE-Sitzung gegen einen anderen wie z. B. Fluxbox ... im (grafischen) Terminal:
Sollte nur der Xfwm abgewürgt werden ohne unmittelbar danach einen anderen Fenstermanager aufzurufen, startet automatisch wieder der Xfwm.
Beachte: Der XFCE-Desktop wird von Thunar bereitgestellt. Solange zeigt das Kontextmenü mit rechter Maustaste ein XFCE-spezifisches Menü. Um das Fluxbox-Menü anzuzeigen muss dieses (in ~/.fluxbox/keys) auf eine andere Tastenkombination gelegt sein, die von Thunar nicht abgefangen wird.
Zurück zum Xfwm kommt man, ebenfalls während der laufenden XFCE-Sitzung, mit
pkill fluxbox; xfwm4 --replace &
oder einem Restart-Eintrag im Fluxbox-Menü (in ~/.fluxbox/menu)
[restart] (Xfwm) {/usr/bin/xfwm4}